COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.999194
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 11.166997
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.331567
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.397517
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 11.661452
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 11.900501
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.064405

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 10.689331
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 10.682826
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 10.587485
2021-05-04 17:00:00 5.494505 11.247576 10.471558
2021-05-03 17:00:00 9.762533 9.964093 10.208576
2021-05-02 17:00:00 15.014164 9.397163 10.063401
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 9.833755

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 17.762176
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 18.091588
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 18.446635
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 18.323048
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.851852 18.431298
2021-05-02 17:00:00 22.383721 11.095101 18.647901
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 18.907611

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 12.704687 9.020327 9.152340
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.404669
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 9.723508
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 9.972489
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.766583 10.251545
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.519511 10.615688
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 11.071480

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 9.343639
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.582026
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.735527
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 9.916520
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.277000 10.373713
2021-05-02 17:00:00 12.656806 12.656806 10.684067
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 10.921060

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 20.858263
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.220557
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.311212
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 21.667093
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 22.389792
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 23.056609
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 23.553209

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 6.175468
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 6.632758
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 6.769926
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 7.044892
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 7.278868
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 7.531748
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 7.845538

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.260437
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.281991
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.329682
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.344504
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.454147 5.364647
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.422946 5.432785
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.519245

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.597019
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 8.924151
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.257754
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 9.445093
2021-05-03 17:00:00 11.728931 6.277610 9.800140
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 10.145608
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 10.482904

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.606803
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.808188
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 10.040396
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 10.127368
2021-05-03 17:00:00 8.229974 3.750810 10.585110
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 10.893825
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 11.261186

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 11.435350
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 11.494343
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 11.515705
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 11.509792
2021-05-03 17:00:00 18.553459 11.201502 11.274098
2021-05-02 17:00:00 13.552361 11.880342 11.299892
2021-05-01 17:00:00 8.797554 11.108728 11.315726

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 5.074518
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 5.242205
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.415162 5.310147
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.622517 5.244030
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.253185
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.178660
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.333522

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.457835
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 8.304542
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 8.031050
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 7.697423
2021-05-03 17:00:00 1.785714 23.571429 7.458887
2021-05-02 17:00:00 3.559071 7.717042 7.343628
2021-05-01 17:00:00 47.202797 23.951049 7.155261

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 15.009718
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 16.079313
2021-05-05 17:00:00 2.505967 15.969582 17.451834
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 18.800681
2021-05-03 17:00:00 1.724138 22.255639 20.262924
2021-05-02 17:00:00 16.666667 34.210526 21.795336
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 23.195606

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 11.716879
2021-05-06 17:00:00 12.663021 13.717150 11.942880
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 12.295675
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 12.348308
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.255497 12.322845
2021-05-02 17:00:00 23.214286 10.763569 12.659157
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 12.799812

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 32.291814
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 33.261714
2021-05-05 17:00:00 22.488957 31.508139 33.805312
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 33.582953
2021-05-03 17:00:00 12.894534 40.107775 34.217581
2021-05-02 17:00:00 72.192513 72.192513 34.996796
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 35.312921

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.850473
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.971861
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 5.205486
2021-05-04 17:00:00 4.260549 4.260549 5.345176
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.081911 5.407203
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.672638
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 5.924575

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 10.251238
2021-05-06 17:00:00 10.596844 14.079888 10.271230
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 10.316108
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 10.304343
2021-05-03 17:00:00 11.495693 11.495693 10.458639
2021-05-02 17:00:00 14.577039 9.042989 10.559142
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 10.685158

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.489784
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.629639
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 8.742542
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 8.786150
2021-05-03 17:00:00 15.650741 6.692890 8.853872
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 9.033470
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 9.163233

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 11.916437
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 11.803641
2021-05-05 17:00:00 13.617464 13.617464 11.695722
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 11.520123
2021-05-03 17:00:00 21.084337 11.577082 11.499477
2021-05-02 17:00:00 27.777778 11.922141 11.615117
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 11.685517

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 18.654587
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 19.476473
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 19.756911
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 20.002830
2021-05-03 17:00:00 40.579710 14.507772 21.269860
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 22.087026
2021-05-01 17:00:00 18.296530 32.132964 22.945363

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 17.410682
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 18.031347
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 18.640684
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 19.093583
2021-05-03 17:00:00 18.019802 9.282162 19.902613
2021-05-02 17:00:00 13.260782 31.761387 20.569785
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 21.248988

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.180833 11.180833 10.689331
Basilicata 19.077901 19.077901 17.762176
Calabria 12.704687 9.020327 9.152340
Campania 9.070027 9.070027 9.343639
Emilia-Romagna 21.796797 21.796797 20.858263
Friuli Venezia Giulia 4.240631 4.240631 6.175468
Lazio 6.050085 6.050085 5.260437
Liguria 6.859206 6.859206 8.597019
Lombardia 10.244016 10.244016 9.606803
Marche 12.519936 12.519936 11.435350
Molise 4.709576 4.709576 5.074518
P.A. Bolzano 7.110092 7.110092 8.457835
P.A. Trento 11.936340 11.936340 15.009718
Piemonte 13.170287 13.170287 11.716879
Puglia 23.193815 23.193815 32.291814
Sardegna 5.688519 5.688519 4.850473
Sicilia 7.589679 7.589679 10.251238
Toscana 7.477515 7.477515 8.489784
Umbria 13.200000 13.200000 11.916437
Valle d'Aosta 23.287671 23.287671 18.654587
Veneto 12.075254 12.075254 17.410682

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri May 7 18:05:16 2021 revision 285, 1ce5d994